Het archief is voornamelijk de weerslag van De Vries' activiteiten als onderzoeker. In de stukken zijn twee grote groepen te onderscheiden: materiaal dat voortgekomen is uit onderzoek (waaronder correspondentie met collega's in binnen- en buitenland, aantekeningen van proeven, tekeningen en foto's van de planten waarmee De Vries experimenteerde, excerpten uit literatuur) en materiaal over het omzetten van zijn onderzoeksresultaten in publicaties en lezingen (correspondentie, manuscripten, drukproeven). Verder zijn er stukken over zijn ambtelijke carrière (aanstellingen, jubilea, afscheid als hoogleraar) en stukken die het resultaat zijn van zijn wereldwijde bekendheid (eerbewijzen, uitnodigingen, stukken over gastcolleges, buitenlandse reizen die hij op uitnodiging maakte). Stukken die zijn voortgekomen uit zijn werkzaamheden als docent aan de Universiteit van Amsterdam zijn slechts in geringe mate aanwezig; het betreft voornamelijk aantekeningen voor colleges en stukken over excursies met studenten.